Solução:
É necessário alterar conteúdo do campo versão atual, no caso 4.00. Além disso, todo o layout do XML deve estar de acordo com as exigências da NFe 4.00, conforme estabelecido pela NT 2016.002.
Na integração por ConfigExtractor e DLL, esta questão é controlada pela solução VincoDFe. Em caso de persistência desta mensagem, entre em contato no e-mail suporte@vinco.com.br